Našťastie väčšina psov toleruje obilniny celkom dobre a nemajú pre nich žiadne nežiaduce účinky. Niektoré psy ale nemusia lepok tolerovať a táto diagnóza sa u nich nazýva gluténom indukovaná enteropatia. Vyvinie sa u nich chronické zápalové ochorenie tenkého čreva, majú opakované alebo pretrvávajúce hnačky, nezdravú srsť, chudnú, strácajú telesnú kondíciu alebo len všeobecne neprospievajú.
Presný priebeh ochorenia nie je úplne objasnený. Isté je, že imunitný systém psov trpiacich neznášanlivosťou lepku útočí na ich črevný trakt v prípade, že príde do kontaktu s lepkom. V tenkom čreve sa nachádzajú milióny klkov, ktoré zväčšujú povrch čreva pre vstrebávanie živín. Poškodenie sliznice znamená, že tieto klky miznú. Medzi klkmi sa nachádzajú krypty. Krypty sa pri poškodení sliznice predlžujú. Choroba je charakterizovaná podstatnou stratou klkov v tenkom čreve a zmenšením absorpčného povrchu. Výsledkom uvedených mechanizmov je porucha resorpcie všetkých zložiek potravy (vitamínov, minerálov, cukrov, tukov a bielkovín). Pri posudzovaní psa s údajmi o hnačkách, strate hmotnosti, zlej telesnej kondícii a celkovo zlého prospievania, veterinár vykoná rutinné vyšetrenia krvi a moču, vyšetrenie stolice na parazity, brušné röntgenové snímky a test exokrinnej pankreatickej insuficiencie. Výsledky týchto testov sú u psov, ktoré sú citlivé na lepok obvykle normálne. Jediný spôsob, ako definitívne diagnostikovať neznášanlivosť lepku je, že pes dostane bezlepkovú diétu na dva až štyri týždne a keď nastane zlepšenie ide o intoleranciu na lepok. Zviera by malo priberať na váhe a mali by prestať hnačky a jeho celkový zdravotný stav by sa mal normalizovať. Našťastie je neznášanlivosť lepku úplne liečiteľná – nie však vyliečiteľná. Je potrebné sa vyhnúť krmivu, ale aj pochúťkam s obsahom pšenice, raže, ovsa, jačmeňa alebo iných obilných zŕn. Pšenica je najproblematickejšou zložkou krmív pre psov a obzvlášť riskantné sú geneticky modifikované zrná. Všetky príznaky vymiznú pri kŕmení bezlepkovou potravou.
